master > master: code py - refactoring

code/python/src/models/graphs/__init__.py

@@ -0,0 +1,16 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.models.graphs.graph import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Graph',
+];

code/python/src/models/graphs/graph.py

@@ -0,0 +1,60 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from __future__ import annotations;
+
+from src.thirdparty.types import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Graph',
+];
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# CLASS Graph
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+class Graph(object):
+    '''
+    a data structure for graphs
+    '''
+    nodes: list[Any];
+    edges: list[tuple[Any,Any]]
+
+    def __init__(self, nodes: list[Any], edges: list[tuple[Any,Any]]):
+        self.nodes = nodes;
+        self.edges = edges;
+        return;
+
+    def __len__(self) -> int:
+        return len(self.nodes);
+
+    def subgraph(self, nodes: list[Any]) -> Graph:
+        '''
+        @returns graph induced by subset of nodes
+        '''
+        return Graph(
+            nodes = [ u for u in self.nodes if u in nodes ],
+            edges = [ (u, v) for u, v in self.edges if u in nodes and v in nodes ],
+        );
+
+    def successors(self, u: str):
+        '''
+        @returns
+        list of successor nodes
+        '''
+        return [ v for (u_, v) in self.edges if u == u_ ];
+
+    def predecessors(self, v: str):
+        '''
+        @returns
+        list of predecessor nodes
+        '''
+        return [ u for (u, v_) in self.edges if v == v_ ];

code/python/src/models/hirschberg/__init__.py

@@ -0,0 +1,23 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.models.hirschberg.alignment import *;
+from src.models.hirschberg.paths import *;
+from src.models.hirschberg.penalties import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Alignment',
+    'AlignmentBasic',
+    'AlignmentPair',
+    'Directions',
+    'gap_penalty',
+    'missmatch_penalty',
+];

code/python/src/models/hirschberg/alignment.py

@@ -0,0 +1,112 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from __future__ import annotations;
+
+from src.thirdparty.types import *;
+from src.thirdparty.maths import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Alignment',
+    'AlignmentBasic',
+    'AlignmentPair',
+];
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# Class Alignments
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+class Alignment():
+    @property
+    def parts1(self) -> List[str]:
+        if isinstance(self, AlignmentBasic):
+            return [self.word1];
+        elif isinstance(self, AlignmentPair):
+            return self.left.parts1 + self.right.parts1;
+        return [];
+
+    @property
+    def parts2(self) -> List[str]:
+        if isinstance(self, AlignmentBasic):
+            return [self.word2];
+        elif isinstance(self, AlignmentPair):
+            return self.left.parts2 + self.right.parts2;
+        return [];
+
+    def astree(
+        self,
+        indent: str = '    ',
+        prefix: str = '',
+        braces: bool = False,
+        branch: str = ' └────  ',
+    ) -> str:
+        return '\n'.join(list(self._astree_recursion(indent=indent, prefix=prefix, braces=braces, branch=branch)));
+
+    def _astree_recursion(
+        self,
+        depth: int = 0,
+        indent: str = '    ',
+        prefix: str = '',
+        braces: bool = False,
+        branch: str = ' └────  ',
+        branch_atom: str = '˚└────  ',
+    ) -> Generator[str, None, None]:
+        word1 = self.as_string1(braces=braces);
+        word2 = self.as_string2(braces=braces);
+        if isinstance(self, AlignmentBasic):
+            u = prefix + branch_atom if depth > 0 else prefix;
+            yield f'{u}{word2}';
+            if depth == 0:
+                yield f'{" "*len(u)}{"-"*len(word1)}';
+            yield f'{" "*len(u)}{word1}';
+        elif isinstance(self, AlignmentPair):
+            u = prefix + branch if depth > 0 else prefix;
+            yield f'{u}{word2}';
+            if depth == 0:
+                yield f'{" "*len(u)}{"-"*len(word1)}';
+            yield f'{" "*len(u)}{word1}';
+            yield f'{indent}{prefix} │';
+            yield from self.left._astree_recursion(
+                depth  = depth + 1,
+                indent = indent,
+                prefix = indent + prefix,
+                braces = braces,
+                branch = branch,
+            );
+            yield f'{indent}{prefix} │';
+            yield from self.right._astree_recursion(
+                depth  = depth + 1,
+                indent = indent,
+                prefix = indent + prefix,
+                braces = braces,
+                branch = branch,
+            );
+        return;
+
+    def as_string1(self, braces: bool = False) -> Tuple[str, str]:
+        if braces:
+            return f'({")(".join(self.parts1)})';
+        return ''.join(self.parts1);
+
+    def as_string2(self, braces: bool = False,) -> Tuple[str, str]:
+        if braces:
+            return f'({")(".join(self.parts2)})';
+        return ''.join(self.parts2);
+
+@dataclass
+class AlignmentBasic(Alignment):
+    word1: str = field();
+    word2: str = field();
+
+@dataclass
+class AlignmentPair(Alignment):
+    left: Alignment = field();
+    right: Alignment = field();

code/python/src/models/hirschberg/paths.py

@@ -0,0 +1,28 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.thirdparty.types import *;
+from src.setup.config import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Directions',
+];
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# ENUMS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+class Directions(Enum):
+    UNSET = -1;
+    # Prioritäten hier setzen
+    DIAGONAL = 0;
+    HORIZONTAL = 1;
+    VERTICAL = 2;

code/python/src/models/hirschberg/penalties.py

@@ -0,0 +1,28 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.thirdparty.types import *;
+from src.setup.config import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'gap_penalty',
+    'missmatch_penalty',
+];
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# PENALTIES
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+def gap_penalty(x: str):
+    return OPTIONS.hirschberg.penality_gap;
+
+def missmatch_penalty(x: str, y: str):
+    return 0 if x == y else OPTIONS.hirschberg.penality_missmatch;

code/python/src/models/stacks/__init__.py

@@ -0,0 +1,16 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.models.stacks.stack import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Stack',
+];

code/python/src/models/stacks/stack.py

@@ -0,0 +1,70 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# IMPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+from src.thirdparty.types import *;
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# EXPORTS
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+__all__ = [
+    'Stack',
+];
+
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# CLASS Stack
+# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+class Stack:
+    '''
+    A data structure for stacks
+    '''
+    elements: list[Any];
+
+    def __init__(self):
+        self.elements = [];
+        return;
+
+    def __len__(self):
+        '''
+        @returns
+        number of elements in stack
+        '''
+        return len(self.elements);
+
+    def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+        return value in self.elements;
+
+    def push(self, value: Any):
+        '''
+        add element to stack
+        '''
+        self.elements.append(value);
+
+    def top(self) -> Any:
+        '''
+        @returns
+        top element from stack without removal
+        '''
+        if len(self.elements) == 0:
+            raise Exception('Stack is empty!');
+        return self.elements[-1];
+
+    def pop(self) -> Any:
+        '''
+        @returns
+        top element from stack and removes it
+        '''
+        value = self.top();
+        self.elements = self.elements[:-1];
+        return value;
+
+    def contains(self, element: Any) -> bool:
+        '''
+        checks if element in stack:
+        '''
+        return element in self.elements;