29 lines
981 B
Python
29 lines
981 B
Python
#!/usr/bin/env python3
|
|
# -*- coding: utf-8 -*-
|
|
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
# IMPORTS
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
|
|
from src.thirdparty.types import *;
|
|
from src.setup.config import *;
|
|
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
# EXPORTS
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
|
|
__all__ = [
|
|
'gap_penalty',
|
|
'missmatch_penalty',
|
|
];
|
|
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
# PENALTIES
|
|
# ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
|
|
|
|
def gap_penalty(x: str):
|
|
return OPTIONS.hirschberg.penality_gap;
|
|
|
|
def missmatch_penalty(x: str, y: str):
|
|
return 0 if x == y else OPTIONS.hirschberg.penality_mismatch;
|